첫날 회무처리에서 ‘고려와의 통합 추진안’이 통과됐다. 일부에서는 총대수, 노회배정, 신학생 문제, 선교사 문제 등에 대한 질의 등이 있었지만, 총회 임원회는 1년 동안 후속처리위원회를 구성하여 미진한 부분을 마무리하겠다고 약속해 박수로 통과됐다. 첫날 통합 추진안이 통과되어 둘째날부터 고려총회 총대들이 참석하여 함께 통합총회로 진행됐다.

제64회 총회에 상정되어 유안건으로 보류됐던 ‘최삼경 목사의 마리아 월경잉태설과 삼신론의 이단여부’에 대해 신학대학원 교수회가 1년 동안 연구 끝에 이단성이 없다고 결론지었다. 신대원 변종길 교수는 “용어 사용에 대한 건덕 문제는 있지만, 이단성은 없다. 교리적으로 볼 때 그리스도의 신성과 함께 인성을 강조한 정통 견해의 입장”이라고 주장했다. 

신대원 교수회가 1년간 연구한 여성목사 안수 건에 대해서는 안수를 허락하지 않기로 결의했다. 또 특정지역 여 선교사의 한시적 세례권도 허락하지 않기로 결의했다.

목회자 납세문제는 고신이 찬반 결의를 할 경우 향후 대처에 어려움이 있기 때문에 한국장로교총연합회 산하 25개 교단과 합의하여 범 교단적으로 대처키로 했다. 

학교법인 이사장 강영안 장로 문제는 크게 2가지가 논란의 쟁점이 됐다. 첫 번째는 총회운영위원회 앞에서 경기노회장이 ‘강영안 장로는 두레교회 시무장로’라는 거짓증언(위증) 발언과 윤희구 목사가 제기한 세상법정에 고소한 문제에 대한 건이었다. 첫 번째 문제는 두레교회 오세택 목사가 나와 행정적인 문제점이 있었다고 총회 앞에 사과했고, 두 번째 문제는 ‘신자 간에 세상 법정에서 고소하는 것은 옳지 않다’는 과거 총회 결의 사항을 재확인 하는 수준에서 마무리했다. 윤희구 목사가 이사장 직을 박탈하는 것 보다 세상법정에 고소가 가능한지가 핵심이라고 발언해 이 같은 결론을 얻었다. 

강영안 이사장도 총회 재판국과 총회 앞에 나와 덕을 세우지 못했다고 사과함으로써 이 문제는 총회에서 일단락 됐다.  

한편, 경남노회가 제기한 헌의안(지난 4월 16일에 예정되어진 학교법인 고려학원 이사회 소집에 대하여 64회 총회 결의를 어기고 강영안 이사가 불신 법정에 소송하지 말라는 총회 결의를 어기고 이사회 소집에 대한 가처분 신청을 부산지법에 제소하였습니다)은 무엇을 요구하는지 질문 내용이 없어 기각됐다. 

신학대학원 교수의 목회겸직에 대해서는 불가함을 확인했다. 신대원 교수 3명이 목회를 하였지만, 이중 2명은 현재 그만 둔 상태이고, 1명은 청빙이 진행 중인 것으로 알려졌다. 

은혜로교회 신옥주 씨의 신학사상에 대해 문제가 있다고 보고, 참여를 금지하기로 결의했다. 선교단체 인터콥에 대해서는 찬반 논란이 많았다. 신대원 교수회가 1년간 더 연구키로 결의했다. 다만 산하 교회의 피해가 있기 때문에 당분간 참여를 금지키로 결의했다. 

총회와 노회 회의 용어 상당수가 이해하기 쉽지 않은 단어라는 점 때문에 일부 수정을 허락했다. ‘자벽’을 ‘지명’으로, ‘증경’을 ‘전임’으로, ‘찰요’를 ‘요약’으로, ‘헌의’를 ‘상정’으로 수정키로 결의했다.